1、服务要求不同。虽然县级公务员都有五年服务期要求，但这个要求更多地其实只是针对乡镇公务员，对县直机关公务员限定不是特别明显。在服务期内，乡镇公务员想辞职或调离需要报单位、县组织部人事部门等层层审批，没有特殊理由一般不予批准。而县直公务员一般不做强制要求，想辞职考公务员或者调离，只要单位同意基本上问题不大。

2、工资待遇不同。公务员有十三薪、车补、年终绩效等，按道理县直机关和乡镇应该一致，不过受财政等方面因素影响，往往县直机关公务员会比乡镇公务员工资待遇略高一些。主要差距集中在两块：一是津补贴，乡镇公务员有乡镇补贴，一般在300-500之间每人每月，这笔钱县直机关是没有的，但实际上县直机关经常也会有其他乡镇机关没有的补贴，最后算起来还是县里高一点。二是年终绩效等奖励性收入，乡镇受财税收入影响有差距，有的甚至不能保证和县里同步，而县直机关因为有全县财政保障没有这方面问题，一般来说县直机关也比乡镇高。不过，现在各地主张政策向乡镇倾斜，未来乡镇公务员的工资待遇大趋势会比县直机关高。像浙江等地，乡镇公务员的工资就比县直机关普遍高出几万元。

3、提拔晋升不同。县直机关因为靠近行政中枢，横向纵向提拔晋升交流的机会比较多。进，可提拔或平行调任其他县直机关；退，可提拔到乡镇担任实职领导，无形中挤占了乡镇的职数。